いないち日記

大阪でバイオインフォマティクスを勉強する大学生の日記。

2017/09/18

朝7時にアラームで起きた。昨日寝た時間が遅かったので少し寝不足。

今日は蛍池の家で臨時ゴミを出すのと部屋の掃除がある。臨時ゴミの収集が 9:30 以降だと勝手に思っていたら 8:00 以降だったので、焦って用意して蛍池へ。

蛍池について5分ぐらいして、あと10分で向かうという連絡が来た。急いで行ってよかった...

ゴミ回収のあとは部屋の掃除。キッチンの壁紙に意外と汚れが付いていて、しかもなかなか取れずに難儀した。

昼前に掃除が終わり最後のゴミを出すと、ちょうど向かいの家の方が掃除をしておられたので挨拶をする。今後会うことが多分ない人との挨拶はあまり経験がなくて、別れ際になんと言えばいいのかわからなかったが、向こうが「それじゃあ、お元気で」といってくださったのでこちらも「お元気で、お世話になりました」と返した。23年生きていて、お元気で、という日本語はこういう時に使うものだと初めて知った。なんだかとてもきれいな別れの言葉だと感じた。

帰りしな、ちょうどいつか行こうと思っていたバッティングセンターを見つけたので寄る。バットが短くてあまり当たらなかった。

昼からは、昼寝をした後に昨日に引き続き Gibbs サンプリングの勉強をちょっとだけしたり、久しぶりに nlp100 をしたりした。

夜は久しぶりにバドミントンに行こうかな。

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2017/09/17

朝6時に起きた。
今日は台風が来るらしいので、一日家にこもることにした。

朝、風が強かったが雨は降っていなかったので、買い物に行く。お腹の調子も良くなったのでちゃんとした料理を作った。

昼からは PAM の論文を読んでいたが、モデルの定式化の部分をちゃんと理解するためにやっぱり Gibbs サンプリングをちゃんと勉強しておこうと思い、久しぶりに PRML を開いた。ノートを取りながら読み進めると流れが悪くなるので、まずはざっと該当する章を一周読むことにした。結局今日は Gibbs サンプリングまではたどり着かず、棄却サンプリングや重点サンプリングという考え方を学んだ。

夕方ごろ、まだ雨が降る気配がないので久しぶりにランニングをした。さすがに体力はかなり衰えていた。素振りに適した公園をいくつか見つけた。

夜、久しぶりに#から連絡がきたので電話で話をした。

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2017/09/16

朝6時に起きたが、二度寝をして布団から出たのは8時。またあの胃の不快感が襲ってきた。昨日晩ごはんを食べている時に嫌な痛みが出たのでもしかしてとは思ったけど... 最近朝方が特に冷えていたのでそれが災いしていたのかもしれない。

ということで今日は一日ゆっくりしていた。昼は駅前の100均やスポーツショップで買い物をしたり、夕方は
csv ファイルの列数を数えるシェルスクリプトを書いたりしていた。

夜、じっとしているのも退屈なので近くにある古本屋に行った。外見からBOOKOFFみたいなものをイメージしていたが、哲学コーナーが目立つところにあったり漫画コーナーが狭かったりと、思っていたよりも古本屋らしい古本屋だった。

最初は漫画でも買おうとおもったが、品揃えが少なかったので買わず、代わりに『プチ哲学』という本を買った。

これがとてもおもしろい本で、すぐに読み終えてしまった。

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2017/09/15

朝6時に起きた。今日はご飯を炊いて、しっかりと朝ごはんを作った。まだキッチンテーブルが来ていないので食器のダンボールを片付けきれてはいないが、ちょくちょく日常生活を取り戻せてきたと思う。

いつもの時間に大学へ。今日も研究室バイト。昨日作り始めた遺伝子発現量を Mallet の Topic Model に通す Java のプログラムの続きを作る。一通りできたと思ってデバッグ地獄を覚悟しながら試しに動かしてみたら、数回デバッグしただけでうまく動いたのでびっくりした。

とりあえず結果が出たので、$先生に Slack で伝えると、行と列が逆じゃない? とのご指摘が。各トピックの特徴語として細胞名が出ているのは確かにおかしい。ということでプログラムの修正。

その後再びプログラムを走らせて、うまく動いたことを確認した。ただ、結果の見方があまりわからなかったので、やっぱりモデルを理解しきることが大切だと思い PAM の原論文を読んだ。
ちなみに、このプログラムは並列処理をほとんど想定されていないような実装なので、研究室のハイスペックサーバーで実行してもそこまで劇的に速度の改善にはつながらなかった。

夕方は蛍池に掃除に行こうと思ったが (週末は台風なので)、眠気が強かったのでやめた。スーパーで買物をして、夕食にチャーハンを作って今になる。

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2017/09/14

朝6時に起きた。今日も研究室バイト。

朝から昨日に引き続き Mallet のコードリーディング。

途中で休憩がてらラボ内を歩いていたら誰も使っていなさそうな Macmini があり、聞いてみたら誰も使っていないそうだったので使うことにした。昼からはこの Macmini のセットアップをしていた。

夕方は昨日買った組立家具を組み立てた。押し入れとメインの部屋の家具は一通り揃って床に散らばっていたものが全部収納できたので、部屋がだいぶすっきりした。

その後は素振りができそうな場所を探しにいろいろ歩いたが、蛍池と違い公園が全然ない。結局1つもいい場所を見つけられなかった。これから素振りは大学でやろうかな...

今は夕食を食べてお酒(チューハイ350 ml) を飲みながら広島 vs DeNA を見ている。これは阪神が負けて広島が勝てば広島がリーグ優勝という試合で、途中で広島がリードして阪神が追いつかれたのでマツダスタジアムが大分盛り上がってきた。

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2017/09/13

朝 5:30 に起きた。昨日は早寝だったのですっきり起きれた。

今日も研究室バイト。いろいろ調べてみて、結局 Pachinko Allocation Model (PAM) はPAM の著者が関わっている Mallet しかなさそうだったので、言語は Java だけどこれを使うことにする。ドキュメントを見てみると一部機能はコマンドラインからも利用できるらしいが、PAM は利用できなかった。

ということで久々に Intellij Idea を立ち上げた。ただここで、どうせ Javaのクラスファイルを使うなら Scala を使おうと思って、理工学図書館に Scala の入門書を借りに行った (ほとんどなかったけど...)。ただあくまで Mallet とのインターフェイスとしてだけ Java を使うことになるので、そうであれば Java でいいかと思い直した。

昼からは Mallet の Topic model の Developers Guide と APIJavadoc を見ながら、Malletの仕様を把握していた。Java は型があるおかげで Python なんかよりはコードリーディングがやりやすかった。

家に帰ってからは、Times で車を借りて日用品などの買い出し。中環が混んでいて思っていたより時間がかかった。

家について、寝たのは12時ごろだった。今日は忙しかったがそこまで疲労感はない。

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2017/09/12

朝6時に起きた。昨日は疲れていたのになかなか眠れなかったので、疲れが残っていた。
今日は研究室バイト。

今日の内容は、もらった遺伝子発現データをトピックモデルを用いてとりあえず解析してみるというもの。R の LDA パッケージは文章中の単語の出現頻度が入力されることを想定した引数の仕様になっていて、既に単語(遺伝子) * 文章(細胞) の行列になっている Single Cell のデータを通すにはデータの加工が必要だった。そこでようやく、#さんが LDA のパッケージではなく cellTree を使っていた理由がわかった。
実験結果は想像以上に想像通りだった。

ちなみに、このデータの加工作業では行列のリストを作る必要があったが、その場合にリストの全要素(行列)の特定の行に一括してデータを挿入する、という処理の書き方がわからなかった。最悪 for で回せばいいんだけどそれはスマートじゃないし...

昼は久しぶりに学食で定食を食べた。

夕方、インターネット回線の工事業者が来るのでやや急ぎ気味で家に帰る。が、結局 30 分ほど遅れて先方が来た。回線は部屋まで届いていたがクロスの張り替えでインターフェイスだけ違うものに取り替えられていたらしい。

工事終了後は残り荷物の開封作業。床を掃除してダンボールをまとめてカーペットをひいてみて、ようやく家らしくなった。前の家より横幅が広い上に、片方にはほとんど家具を置いていないのでとても広く感じる。

今日はつかれたので日用品の買い出しはやめて、早めに寝ることにする。

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