いないち日記

大阪でバイオインフォマティクスを勉強する大学生の日記。

2017/11/16

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。昼から大津に帰る。

朝、支度をしながら NHK のニュースを見ていたら南禅寺の紅葉が映っていた。きれいに色づいていたので、ちょうど今日は大津に帰ることだし帰りしなに寄っていくことにした。

午前中は Gitlab の issue に%先生から新しいアイデアが届いていたので、それを確認してさっそく実験。すると今までうまく行っていなかったデータセットでもかなりのうまくいくようになった。
ただこの方法を使うとなると、これまでの方針を大きく転換することになる。これまでの方針はあくまで「こうあればいいな」という (言ってみれば根拠のない) 方針だったので、それに固執するべきではないんだけど、それが妥当であるように思えたので今まで疑うことなくそれに沿って進めてきてしまった。
これからは常に、この実験では何を仮定しているか、を頭に留めておかないと思った。

そうしているうちに%先生が来られて、その話をする。
その後は、ちょうど$さんが来られたので、ついでに実験結果の可視化について3人でディスカッション。グラフ構造の図を作りたかったので、USCD の研究室インターンで iGraph のツールを開発しておられた$さんに手伝ってもらえるのは心強い。

ディスカッションを終えたあとは学食でうどんを食べて、そのあと研究室を出た。
学食は今日の一番客だった。

その後は南禅寺へ。
山科のコインロッカーでキャリーケースを預けて、東西線で蹴上へ。

まずは南禅寺へ。まだ緑の部分が目立つが、それはそれできれいだった。
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ちょっと曇っていたのが残念。

その後は東山高校の前を通って永観堂へ。こちらの紅葉は南禅寺よりも赤くなっていた。

最後に、蹴上のインクラインに行って、疎水工事の殉職者の碑に手を合わせた。
殉職者の碑は浪人時代、蹴上を散歩していた時に見つけたもので、その時は生活の向上の裏にこういう犠牲があった、ということを知ってかなりショックを受けた。それ以来、蹴上に寄るときはいつもこの碑に手を合わせている。

夕方前に家に帰る。

しばらく昼寝をして、投げ込みに行った。寝起きなので力が入らず、握りが弱く身体もブレていた。

帰ってから夕食 (厚揚げ豆腐の炒め物) を食べてお酒 (喜楽長 300ml) を飲んで寝た。

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2017/11/15

朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。昨日の食べすぎで胃腸の調子が悪い。

午前中はまず$先生と進捗報告ミーティング。昨日話すことを練ったおかげでスムーズに話を進められた。
1つ、自分では仮説と反すると思っていた結果が、$先生と話していると実は仮説どおりであることがわかった。これが今日のミーティングでの一番の収穫。

昼は胃腸を休めるために軽めに済ませた。

午後はバイトの作業ををしたあと、計算プログラムを他の人が使いやすいようにリファクタリングをしたりドキュメントを書いたりしていた。
これを期に、前挫折した jar ファイル作成のための build.xml を作ろうとしたけど、再び挫折。Intellij IDEA の Generate Ant Build がどう使えばいいのかわからなかったし、かといって Manifest ファイルを自力で書くと依存ライブラリが含まれなかったりクラスが見つからないと言われたりして結局また投げ出してしまった。
あとは、ドキュメントを書くことでプログラムの直すべき箇所が明らかになった。プログラムを一通り作ってからドキュメントを書くより、それらを並行させていったほうがユーザーフレンドリーなプログラムに仕上がる気がした。ということでこれからは、ゆくゆく他の人も使うようになるプログラムは開発と並行してドキュメント書きをしていきたい。

家に帰ったのは夕方ごろ。

家に帰った後はバッティングセンターへ行った。バットを寝かせだ打法だとうまくいくけど、立てる打法だとまだうまくミートしていない。
隣の人がきれいなフォームで軽く 140km/h のボールを飛ばしていたので、そのフォームを真似したいと思った。

バッティングセンターで打ったあとはランニング。今日は音楽を聴きながら走った。いつも音楽を聴きながら走ると息がすぐあがる。自分の呼吸を音で聞かないからかもしれない。やっぱり走るときは音楽をやめよう。

今は夕食 (スーパーで売っていたお弁当) を食べて、お酒 (チューハイ 350ml) を飲みながら日記を書いている。

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2017/11/14

朝6時に起きた。今日も朝から研究室。

午前中はバイトの仕事をした。

少し早く昼ごはんを食べたあと、午後からは明日の進捗報告で話すことをまとめていた。"So, what?" というフレーズを頭のなかで繰り返して、単にデータを見せるだけではなく自分なりの仮説を立てた。またその仮説を立てた根拠とその検証方法の案も載せた。仮説の根拠は、それが事実 (≒結果) から論理的に導かれているか、を確認するために載せた。
あと、ミーティングの時間は限られているので、重点的に話したいことを2つに絞った。それ以外の結果報告などはさらっと流すような構成にした。

夕方、Mac のアップデートをしたら40分ぐらい Mac が使えなくなったので、さっき立てていた仮説や考察をさらに深めたりしていた。ただ、考えをさらに深めるためには追加実験がどうしても必要なので、Mac がないとある程度から先には進めない。ということでその後は、図書館に行って予約していた本を借りたり、その本を読んだりしていた。

夕方過ぎに帰宅。
今日も走ろうと思ったけど、昨日も走ったし... という甘えから走るのをやめてしまった。

夕食 (野菜スパゲッティ) を食べてお酒 (赤ワイン 300ml) を飲んだあと、バイトの続きをした。
しばらくするとお腹が空いたので、明日の朝用に残しておいたスパゲッティを食べてしまった。結局食べすぎてしまって、夜は気持ち悪くてなかなか寝れなかった...

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2017/11/13

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。

午前中はデータ解析。マッキンゼー本を生かして、もれなくだぶりなく原因を探ることを意識した。

午後も同じような作業。あとは明後日の進捗報告のプレゼン資料を作ったり。
そういえば次回の進捗報告からスライドは Jupyter で作ることにした。パワポをやめて Jupyter に移行した理由は、その場でコードが実行できる (つまり計算のパラメータもすぐ確認できる) ことや、いちいち図をパワポに貼り付けたりするのが面倒なことなんかがある。Jupyter の プレゼン用表示ができる extension で RISE というものも見つけたが、下が切れてしまって思うような表示にならないので、今回はこれは使わないこと。ただ Jupyter でそのまま見せると画面上の情報量が多くなるので、プレゼン資料としてはあまり望ましくないかもしれない。今後の要検討事項。

夕方、久しぶりにプログラミングのバイト先から仕事の発注があって、受けることに。(最近出費がかさんでお金がないので...) そのミーティングをするため少し早めに研究室を出る。

帰りしなに、図書館で予約していたマックス・ウェーバーの『職業としての学問』を借りた。

家に帰ってからは Skype でミーティング。
ミーティングは予定していた時間を少しオーバーしてしまった。 思っていたより大変な仕事かもしれない。

夜は病院へ。その後はバドミントンに行こうと思ったが、ミーティングの内容を早めにまとめたかったのでやめる。代わりに家に帰ってからキツめのランニングと素振りをする。

家に帰ってからはしばらく仕事。

その後は夕食 (レトルトカレー) を食べて、早めに寝た。

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2017/11/12

朝7時に起きた。今日は日曜日なので研究はしない。

午前中は部屋の掃除をしっかりめにした。
それから梅田の美術館に行こうと思ったが、平日にも行ける身分なのにわざわざ混んでいる日曜日に行くのはやめようと思ってやめた。

掃除が終わったとは読書や Reading note の見直し、Evernote の整理など。
Evernote はノート数をかなり減らした。今は、例えば各プログラム言語の TIPS なんかはその都度 Evernote に入れていたけど、情報が分散しすぎて後々見返すことは少なかった。そこでこういう TIPS を言語ごとに一つのノートにかためた。

...と、こうした整理をしていると大きいディスプレイで作業したくなってきたので、昼からは研究室に行く。

研究室でも意図的に研究はせず、引き続き Evernote の整理や Reading note の整理、バイオインフォマティクスの勉強なんかをした。

作業や勉強が全て終わるとすっかり日が暮れていた。

家に帰ってからはバッティングセンターへ行って、その後ランニングをして、夕食を食べて、お酒 (銘柄は忘れた 180ml) を飲んで大河ドラマを見て寝た。

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2017/11/11

朝6時に起きた。今日も朝から研究室。

午前中はデンドログラムの表示をわかりやすくしていた。最近また読んでいる『マッキンゼー流 入社1年目問題解決の教科書』という本に刺激されて、もっと分かりやすい図を作らないといけないと思ったことがきっかけ。
やったことは具体的には、デンドログラムのそれぞれの葉に、それぞれの正解ラベルのデータがいくつ含まれているか、という内訳を表示させるというもの。これでクラスタリング手法の良し悪しが図からわかりやすくなった。

午後からは昨日やっていた行列解析の続き。計算が進んで相関の様子は変わった。

夕方、家に帰って、バッティングセンターへ。
帰ってから走ろうと思っていたけど、忘れてそのままシャワーをあびてしまった。

そのあとは明日以降の夕食 (豚の角煮) を作って夕食 (あじの刺身) を食べてお酒 (白鶴 180ml) を飲んで寝た。

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2017/11/10

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。

午前中は、おとといから出力しはじめたデータを解析した。予想していた相関とは異なる相関関係が見られた。
ここ最近はデータを可視化する作業が多く、そのためのオプション(色や配置 etc..) で悩まされることが多い。午前中も解析自体よりはその可視化に手間取った。

昼からは新たな既存ツールを使用して ARI を出した。かなり高い値が出た。すごい。
あと、ちょうど ARI を計算してる時に、クラスタリング結果と正解ラベルで ARI を取るとクラスタリング結果のラベル番号の付け方によって ARI の値が変わってしまうのではないかと思った (例えば階層型クラスタリングで木の左側のクラスタから 1, 2, 3 と番号をつけようが 2, 3, 1 とつけようがクラスタリングの精度の違いはないが、それによって ARI の値が変わってしまうのではないか、ということ)。 結局そんなことはなかったんだけど、それがそもそもその仮説が間違っているのか、あるいはその仮説は正しくて、かつ sklearn の方で上手く調整してくれているのか、についてはまだわかっていない。

夕方、家に帰って、奨学財団のパーティーのため新大阪へ。阪急千里線では関大前で人がたくさん乗ってきて大変だった。

今年は去年よりも話した人が少なかった。もっと積極的にいろいろな人と話せばよかった。

夜、パーティーで知り合ったタイ人の留学生2人と JR の駅まで帰った。

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