いないち日記

大阪でバイオインフォマティクスを勉強する大学生の日記。

2017/07/31

いつもより遅めに起きた。家事をしっかりめにしたあと、朝食を食べて大学へ。ラッシュ時と重なって電車が人混みだったので、朝は豊中で勉強して昼から吹田へ向かう。

午前中はパターン認識の復習。はじパタ本を久しぶりに最初から見返した。最初は読むのに時間がかかっていたこの本も、今ではかなりすらすらと (式の導出も含めて) 読めるようになった。ここ最近は院試勉強で機械学習の話からは遠ざかっていたので不思議。

昼からは吹田へ。ちょうどお腹が空いたので少し早いが#でカレーを食べた。研究室についてからはまず、%先生と$さんに面接結果の報告。

その後は論文読み。今日は Wisdom of crowds for robust gene network inference*1 という論文。遺伝子の(特に転写の)制御ネットワークを推定する既存手法はそれぞれ得意・不得意なデータセットがあるので、それらをうまく組み合わせてrobustな推定をしてみましたという話。

今日は前半だけ読んだが、前提知識がないので読むのにかなり時間がかかった。わからない生物学用語が出る→にネットで調べる→..の繰り返し。こういうことを繰り返すうちにさすがに生物学の一般常識ぐらいは抑えたいと思った。どういうふうに知識を身に着ければよいかを%先生に相談すると、バイオインフォマティクス技術者認定試験がちょうどよい勉強になるとのこと。ちなみにJASSOの奨学金の場合、この試験の合格は賞の扱いになるというメリットもあるらしい (学会主催の試験だから?)。 ということで冬にあるこの試験を受けようと思う。

論文のあとはふたたびはじパタの復習をして、昼過ぎに帰る。今日も@駅まで歩くコース。今日の電車は最近良く出る動悸が出てきた。今回のはかなり症状が強く、一駅分乗るだけでもしんどい。ということで引き上げて%駅から歩くことにした。歩いているうちに築いたが、どうやら胃酸が強く逆流してきてそれが気分の悪さの原因だったよう。胃薬を飲んでしばらくしたら治った。

帰ってからは久しぶりに運動。今日はバットとラケットの素振り。

夕食は余っていた五島うどん。今日はお酒も飲もうと思ったが、夕方の症状で食道が荒れているのでやめにする。

... とこの日記を書いていると$からscipyのパッケージについての質門が来た。切断正規分布という初めて聞く名前のものでいろいろ調べていたら$がその間に自己解決したらしい。人に自分の質問を話しているうちに自分でアイデアを思いつくことはよくあるので、何もアドバイスはできなかったがまぁ間接的に役に立てた (?) ようなのでよかった。

*1:Marbach, Daniel, et al. Nature methods 9.8 (2012): 796-804.

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