いないち日記

大阪でバイオインフォマティクスを勉強する大学生の日記。

2017/10/24

朝6時に起きた。朝から研究室へ。

午前中は昨日の問題 (Rscript だとうまく実行できない問題) を解決した。どうやら関数 as というのは base パッケージのメソッドではなく methods パッケージのメソッドらしく、require(methods) と明示的に書くとちゃんと実行できた。

その後は、設定を変えただけで git で差分が生まれるのが嫌だったので、config.yaml を作って git 管理外にした。

少し早めに昼を食べたあとは、少し&さんと話した後、いろいろとさっきの Stan プログラムを動かしてみた。ただ、どうも n_subtopics が大きいと実行が失敗する。Stan のコード自体は大丈夫そうなので、おそらくコンパイルされたコードにどこか不具合がありそうなんだけど... verbose = TRUE としても全くエラーが出ないまま終了するのでデバッグに苦労した。

結局$先生に相談すると、$先生の環境で実行してくださって、問題の共有ができた。そっから4時間ほど! 付き合っていただいて、時間的にボトルネックとなってそうなポイントを突き止めることができた。ただその場所は Rcpp のオブジェクトなので立ち入ることができない。結局、Stan が出す Cpp のコードは出力できそうだったので、それを見てデバッグすることに。今のところ0割算が怪しい。(n_subtopics が小さいとちゃんと実行できるので)

夜になって、ふらふらになりながら家に帰った。雨が降っていたので自転車を置いて歩いて帰った。

帰ってからはシャワーを浴びて軽めの夕食 (お味噌汁とヨーグルト)。その後は藤沢秀行の本を読んで、寝た。

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