2017/10/26
朝9時に起きた。昨日家に帰ったのが1:30とかだったのでまぁ仕方ないか.. 帰省の用意をして研究室へ。
今日は午前中からフルギアを入れて作業。論文誌の締切も近づいているが課題が山積している。
昼前、%先生が昨日の発表で気づいたことを指摘してくださった。特に(昨日受けた質問をふまえて)このように説明したらよかったのでは、という意見はとても参考になった。
その後、ついでに今後のタスクについて意識を共有。11月がハードになるが頑張ろうとのこと。
昼過ぎ、大津に帰る。
家について2時間ほど昼寝をしてから投げ込みへ。ストレートの握りをややシュート気味にすると回転数が多くなりオーバースロー時のコントロールのブレも収まった。今まではスプリットの握り・サイドスロー気味のリリースでコントロールをごまかしてきたが、これからはオーバースローも安定させていきたい。
その後は PAM の計算時間を短縮するために不要な遺伝子を削ったり、遺伝子数を plot してみて分布を推定したりしてみた。ただ今回はある分布のもとで出る確率が低いものを削りたいのではなく、妥当な数(これが難しい)以下の発現しかない遺伝子を削りたい。どうしようと考えて、一旦保留することに。
夜は今日図書館で借りた村上春樹の「職業としての小説家」を読んだ。
2017/10/25
朝8時に起きた。今日はラボの中間報告会。
ラボに着いたのは報告会の30分前。原稿を読み直したり軽く#や%と雑談したりしてから、報告会へ。
報告会は$さんの発表練習から始まった。なかなか英語が聞き取れず、リスニング力が足りないと感じた。いくつか質問をすることができたが... また、先生方からいろいろな場所の details について質問が来て、これはスライドに乗せてほしいというような意見が出ていたが、$さんは時間が限られているのであくまで overview を言いたかった、ということをおっしゃっていて、自分にもその気持が痛いほどわかった。
昼休憩を挟んで、昼過ぎが自分の発表。
発表は少し時間を過ぎてしまったことがだめなところ。発表自体はそこまで詰まったりしなかったので、単に話す量が多かった。多く質問が出たのは PAM についての説明で、なぜ層ごとに役割を持たせられるのか、そこに生物学的な裏付けはあるのか、トピック数はどうするのか、上位と下位のトピックの違いは何か、といったもの。もう少し説明をここに割いたほうがよかったと思った。
夕方からはリーディングプログラムの説明会。月々の奨励金はやはり再来年3月で打ち切りのようで、卓越はまだ未定なのでなんとも言えないとのこと。ただヒューマンウェア自体に参加するモチベーションは高くなる説明会だったので良かった。
ポスターディスカッションではそれなら学振を取る勢いで頑張って欲しいとは言っていたが、学振は取れないことも十分に考えられるしそうなったときに博士をやっていける経済力はないので困った。最悪卓越に引き継がれないようであれば就職という選択肢もあるかな。
ちなみに融合研究で出る研究補助金についても質問したが、これは奨励金よりは(今後も)出る確率が高そう。先生方もこれがヒューマンウェアの最大のプログラムとおっしゃっていたし。
説明会の後は、同じく早退した#くんという人と今日の説明会について話し合いながら、ラボに戻ってタコパへ。タコパの後は数人で夜中まで遊んだ。#の意外な一面が見つかった。
楽しい一日だった。
2017/10/24
朝6時に起きた。朝から研究室へ。
午前中は昨日の問題 (Rscript だとうまく実行できない問題) を解決した。どうやら関数 as というのは base パッケージのメソッドではなく methods パッケージのメソッドらしく、require(methods) と明示的に書くとちゃんと実行できた。
その後は、設定を変えただけで git で差分が生まれるのが嫌だったので、config.yaml を作って git 管理外にした。
少し早めに昼を食べたあとは、少し&さんと話した後、いろいろとさっきの Stan プログラムを動かしてみた。ただ、どうも n_subtopics が大きいと実行が失敗する。Stan のコード自体は大丈夫そうなので、おそらくコンパイルされたコードにどこか不具合がありそうなんだけど... verbose = TRUE としても全くエラーが出ないまま終了するのでデバッグに苦労した。
結局$先生に相談すると、$先生の環境で実行してくださって、問題の共有ができた。そっから4時間ほど! 付き合っていただいて、時間的にボトルネックとなってそうなポイントを突き止めることができた。ただその場所は Rcpp のオブジェクトなので立ち入ることができない。結局、Stan が出す Cpp のコードは出力できそうだったので、それを見てデバッグすることに。今のところ0割算が怪しい。(n_subtopics が小さいとちゃんと実行できるので)
夜になって、ふらふらになりながら家に帰った。雨が降っていたので自転車を置いて歩いて帰った。
帰ってからはシャワーを浴びて軽めの夕食 (お味噌汁とヨーグルト)。その後は藤沢秀行の本を読んで、寝た。
2017/10/23
朝6:30に起きた。今日は大阪に帰る。
ただ昨日の台風の影響で電車が全然動いていなかった。湖西線は運転休止、琵琶湖線も1時間に2本程度の間引き運転という状態らしく、12時になっても一向に人混みがおさまる気配がない。一瞬明日にしようと考えたが、できれば今日のうちに帰っておきたかったので結局帰ることにはした。京阪で山科まで出てそこから地下鉄ー京阪ー阪急というルートで帰った。このルートだと人混みはなかった。
電車の中では村上春樹の「風の歌を聴け」を読んだ。
吹田の家についたのは夕方頃で、そこから病院へ。その後はバドミントンに行こうと思ったが、今日は全然ものを食べれておらず、行きしなの道で自転車で少し坂を登ってもう息切れ、という状態だったので途中で引き返した。代わりにバッティングセンターで3セット打った。
家に帰ってからは夕食を作って食べた。作ったのはお味噌汁とたこのカルパッチョ。お味噌汁は前の味噌がなくなったのでこの機会に新しい味噌にしてみた。これが当たりでとてもおいしい。カルパッチョはオリーブオイルを入れすぎくらいに入れるとおいしかった。
ここ数日は本業のほうを休みがちなので、明日からはまた本腰を入れないといけない。とりあえずは明日明後日で中間報告を精一杯やって、その後は身を粉にするまで研究に打ち込もうと思う。
2017/10/22
&の家で朝6時に起きた。&を起こさないようにそっと家を出た。
家に帰ってから再び熟睡。
今日は TOEIC があるが、眠気と台風が来て帰れなさそうというのがあったので、行かないことにした。
R の方は発現プロファイルのインターフェイスがなんとか完成した。ただ、同じスクリプトを R のコンソールで source するとうまくいくのに、 Rscript コマンドで動かすとうまくいかない。(具体的には関数 "as" が見つかりませんと言われる...) 実行時の PATH のようなもの? がこの2つのコマンドで違うのかな...
夕方は選挙に行った。
夜はスープパスタを食べて日本酒をおちょこ4杯ほど飲んだ。そのあとは村上春樹の「風の歌を聴け」という本を Kindle で買って読んだ。
2017/10/20
朝4:30に起きた。単に昨日早く寝すぎたからこんな時間に起きたんだと思う。二度寝する必要もなさそうだったので、帰省用意をして、朝から研究室へ。
ただいざ研究室につくととても眠気が強かった。やっぱり6~7時に起きるほうが体に合っている気がする。
午前中は研究室にだれもいないことを利用して、発表用ディスプレイで中間報告の発表練習をした。時間を図ってみて3~4回通した。どう頑張っても10分ぎりぎりぐらいになってしまい、このままでは時間内に終わることが難しい (経験的に、練習で10分でぎりぎりということは、本番では15分かかってもおかしくない)。が、スライドは削りに削ったはずなので、これ以上スライドのどこを削ればいいのかという気持ち。ただ今回はスライドの枚数よりスライド1枚にかける時間が長いことが時間を食う原因なので、枚数の削減よりも話の短縮が必要な気もする..
発連のあとは、少しソファーで休んでから、昨日の夜から読み直している『羽生善治 闘う頭脳』という本の Reading note づくりをした。この間読んでいた村上春樹の本もそうだが、頭が良い人の文章は非常に読みやすい。
あと、羽生さんはまさに「非凡の凡」という感じがした。いわゆるぶっ飛んだ天才とういことではなく、思考も非常に論理的で自分にも参考になる箇所がたくさんあった。特に徹底した予習と復習をするというところと、勝った対局でもその分析を欠かさないという姿勢は見習わないといけない。ここまで輝かしい成績を残している人が地道な努力をこんなにも続けているのに、自分が努力の量でこれに劣ってはいけないと強く感じた。
その後は実験結果が新しく得られたのでその解析をしたりした。
昼過ぎに研究室を出て大津に帰った。バスで駅まで行って、そこからいつもの電車。この時間はバスが広めの座席で快適だったが、京都からの電車が少なく車両数も少ないのを忘れていた...
帰ってからは実家の車のガソリンを入れたあと、昼寝をした。3時間ほど熟睡。
いまは起きて夕食を食べながらお酒 (湖小蔵 300ml) を飲んでいる。SB vs 楽天は熱戦。
