2017-10-01から1ヶ月間の記事一覧
朝7時に起きた。今日は大阪に帰る日。午前中は研究をした。いくつか PAM で計算してみて結果をたしかめたりしていた。午前中に電車に乗って大阪へ。いつもの BOOKOFF に今日は$がいて、軽い雑談をした。家に帰る前に3時間ほどラボによって、朝の研究の続きを…
朝6:30に起きた。朝から塾バイト。おそらくお酒を3日飲んだ影響で、お腹の調子がとても悪い。バイト先へは電車で行った。 今日はいくつかの学校で模試があるらしく、生徒の数は少なかった。帰ってからは Mallet のコードリーディング。結局、ライセンス的に…
朝7時に起きた。午前中は研究。Stan のプログラムでの計算結果を見てみると、ログにメモリが確保できなかったと出た。Mallet にさせていた計算よりかなり軽いものでも落ちてしまうので、これはやっぱり使い物にならないか... 使いやすさ (コンパイルをしなく…
朝9時に起きた。昨日家に帰ったのが1:30とかだったのでまぁ仕方ないか.. 帰省の用意をして研究室へ。今日は午前中からフルギアを入れて作業。論文誌の締切も近づいているが課題が山積している。昼前、%先生が昨日の発表で気づいたことを指摘してくださった。…
朝8時に起きた。今日はラボの中間報告会。ラボに着いたのは報告会の30分前。原稿を読み直したり軽く#や%と雑談したりしてから、報告会へ。報告会は$さんの発表練習から始まった。なかなか英語が聞き取れず、リスニング力が足りないと感じた。いくつか質問を…
朝6時に起きた。朝から研究室へ。午前中は昨日の問題 (Rscript だとうまく実行できない問題) を解決した。どうやら関数 as というのは base パッケージのメソッドではなく methods パッケージのメソッドらしく、require(methods) と明示的に書くとちゃんと実…
朝6:30に起きた。今日は大阪に帰る。ただ昨日の台風の影響で電車が全然動いていなかった。湖西線は運転休止、琵琶湖線も1時間に2本程度の間引き運転という状態らしく、12時になっても一向に人混みがおさまる気配がない。一瞬明日にしようと考えたが、できれ…
&の家で朝6時に起きた。&を起こさないようにそっと家を出た。家に帰ってから再び熟睡。今日は TOEIC があるが、眠気と台風が来て帰れなさそうというのがあったので、行かないことにした。R の方は発現プロファイルのインターフェイスがなんとか完成した。た…
朝7時に起きた。午前中はダラダラと R を触って発現プロファイルを Stan の PAM モデルに通すインターフェイスを作っていた。昼は「羽生善治 闘う頭脳」を読んでいた。夕方、家庭教師に行く。その後は$と飲みに行った。けじめは付けなかった。終電の時間が思…
朝4:30に起きた。単に昨日早く寝すぎたからこんな時間に起きたんだと思う。二度寝する必要もなさそうだったので、帰省用意をして、朝から研究室へ。ただいざ研究室につくととても眠気が強かった。やっぱり6~7時に起きるほうが体に合っている気がする。午前中…
朝7時に起きた。今日も朝から研究室。肉じゃがが夜ご飯では消費しきれなさそうなので、ブロッコリーと一緒にお弁当として持っていった。今日も午前中はスライド修正。昨日でほぼ仕上がったので、今日は英語版作成と原稿直し。いざ原稿を読んでみると10分では…
朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中は昨日に続いてスライドづくり。話の構成を変えて、最初のスライドを研究概要から一細胞解析の意義にした。研究概要を最初に持ってきたのはプレゼンがトップダウンになるようにと思ってのことだったけど、これだと…
朝7時に起きた。今日も朝から研究室。昨日のバッティングセンターは結構な数打ったので筋肉痛が来るはずだが来ない。これは昨日摂取エネルギーが少なかったからか。明日にまとめて痛みが来そう。朝はおととい始めた計算の結果を確認したがまだ終わっていない…
朝7時に起きた。今日も朝から研究室。朝一番に昨日預けていた計算が終わっているか確認したが終わっていなかった。サンプル数が前回は700程度だったのに対し今回は10000ぐらいあるのが原因か。明日の進捗報告に間に合わないかもしれないが、まぁ明日はそれよ…
朝8時に起きた。今日は朝から大阪に帰る。いつもの時間に古本屋に行き、電車で読むあたしンちを買ってから電車に乗った。駅からはバスで大学に行って、研究室でしばらく作業をした。研究室では、GEO から取ってきたいくつかの発現プロファイルを自分のライブ…
朝6時に起きた。今日は朝から塾バイト。今日のバイトは人が少なくかなり暇だった。暇つぶしに電卓の √ ボタンを押していると、ある数が何回 √ ボタンを押すと1になるかというのにある規則性があることに気付いた。自分は遊びから科学的な何かを発見する体験…
朝7時に起きた。午前中は眠く、布団の上で漫画を読んだりしていた。昼からは塾バイト。今日は生徒対応より電話対応が多かった。保護者さんからの連絡を要点を抑えて社員に伝えるのは難しい。こういう類の問題はこのバイト以外にも出てくると思うので、一度ち…
朝7時に起きた。今日は研究室に行ったあと大津へ帰る。ふろ・トイレやキッチン周りの掃除を済ませて、いつもより遅く家を出た。午前中は今日もスライドづくり。大分とアイデアが固まってきて、スライドの質は高くなった。あとは10分でまとめられるようにしっ…
朝6時に起きた。お腹の調子が良くない。朝食をほとんど食べずに、朝から研究室。午前中は昨日に引き続きスライド作り。今年は発表時間が10分となったので、これまでよりもスライドを圧縮しなければいけない。ただ昨年の卒論発表で#先輩が Single cell と LDA…
朝 4:30 に起きた。昨日はさすがに寝すぎということもあって、今日はこの時間に起きても眠たくなかった。朝食を済ませて研究室へ向かう。朝から$先生との進捗報告ミーティングが入っていたので、それまで今日使うスライドの最終確認をしたり、論文の Reading…
朝8時に起きた。今日は大阪に帰る。茨木駅から吹田の家までは自転車で帰った。お腹の調子があまり良くなかったので昼食は軽めの菓子パン。食後は眠気が強くて寝た。気づけば5時間ほど寝てしまっていた。夜はスーパーに買い物に行ったり、ランニングをしたり…
朝6時に起きた。昨日は早く寝たので、今朝は眠気はまだましだった。今日も朝から塾バイト。いつもの時間の電車に乗っていつものパン屋さんで買い物をしてから出勤。今日は%君と2人体制だった。空き時間には、%君の専門の昭和初期の政治の話や、就活を終わっ…
朝6時に起きた。今日もバイト。バイトなので早めに起きたが、あまりにも眠く起きてから1時間ぐらいは放心状態だった。バイトは久々に2人体制で、$さんと一緒だった。今読んでいる論文の生物学的な知識をいろいろ教えてもらって、体系的に勉強している専門の…
朝8時ごろ起きた。また朝起きるのが辛い。今日は昼からバイト。午前中は布団でだらだらしていた。少し論文も読んだ。昼からは塾バイト。車があいていたので車で行った。夜、かえって家についたときには結構疲労感があった。日本酒を飲んで夕食を食べて寝た。
朝5:30に起きた。今日はゆっくり朝の支度をすることができた。今日も朝から研究室へ。朝は昨日走らせていた PAM の結果を確認。結果としては思わしくない。Evernote に作業ログを残しながら、改善案をいくつかリストアップして再び計算させてみる。その後、$…
朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。午前中は昨日まとめた単語帳の復習と、昨日計算していた PAM の結果の解析。PAM の方は思っていたほどよい結果は得られなかった。昼は学食で$と出会ったので一緒に食べた。アプリの開発状況などを聞いたり。午後は SC3 …
朝7時に起きた。朝から研究室へ。午前は$先生とのミーティング。1時間ほどスライドの最終調整・見せる Jupyter Notebook の確認をしてから、進捗報告をした。この一週間は主に先行研究を調べていたので、研究の進み具合というよりは読んだ論文の紹介みたいに…
朝7時に起きた。今日は朝から研究室へ。午前中は SC3: consensus clustering of single cell RNA-seq data という論文を読んでいた。これは SC3 そのものを知りたいというより、ここで用いられているデータセットや比較対象の手法、実験方法について調べるた…
朝8時に起きた。午前中は両親が大阪に来た。母は吹田の方の家には来ていなかったので、それの様子見を兼ねて、ついでに箕面公園を散歩しにいくらしい。前の家より街の雰囲気がいいと言っていた。昼からはレンタカーを借りて、$と 万博でやっていたカレーフェ…
朝7時に起きた。今日は朝から研究室へ。今日は火曜日のミーティング資料作りと、前からやっている Single Cell のサーベイ読み、PAM のプログラムを研究室サーバーで動かす、など。PAM のプログラムは、Gibbs sampling の n_iterations を10000にすると(研究…
