2017/10/03
朝7時に起きた。朝から研究室へ。
午前は$先生とのミーティング。1時間ほどスライドの最終調整・見せる Jupyter Notebook の確認をしてから、進捗報告をした。この一週間は主に先行研究を調べていたので、研究の進み具合というよりは読んだ論文の紹介みたいになった。
午後からは$先生と話し合ったアイデアをもとにプログラムの実装。
夕方前に家に帰って、バッティングセンターに行った。初めて自分のトレーニングバットで打った。バッティングセンターにおいてある金属バットより何倍も重くて疲れ、2回(25球)でかなり疲れた。左右1回ずつが体力的にも限界だった。
帰ってからは簡単な夕食を済ませて、久しぶりに英語の単語帳づくりをした。
2017/10/02
朝7時に起きた。今日は朝から研究室へ。
午前中は SC3: consensus clustering of single cell RNA-seq data という論文を読んでいた。これは SC3 そのものを知りたいというより、ここで用いられているデータセットや比較対象の手法、実験方法について調べるたいというのがモチベーションで、論文自体は#先生に教えてもらった。
ただ、ずっと論文を読んでいたわけではなくて、30分ぐらいは研究室のソファーで熟睡していた。
昼はヒューマンウェアプログラムのリラックスカフェというのに行く。(良くはないけど) 思っていたより修士で抜ける人もいるらしい。やっぱり金銭的なメリットは大きく、博士に行きたいが学振が取れなかったという場合にこの支援制度があるのは大分心強いと思った。
で、そもそも博士に進むこと自体はどうかということをある先輩に伺うと、(その先輩は) 今の日本企業はどれだけ大企業でもこれからが不安だし、仮に転職するとなった時に自分にスキルがあったほうがいい、その意味で博士過程で先生たちにしごかれながら鍛えていこうと思ったから博士に進む、ということをおっしゃっていて、リスクヘッジのために博士という考え方は新鮮だった。(もちろん根底には研究職で生きていきたいという思いがあるからの考えだけど...)
リラクスカフェのあとは研究室に戻り、明日の進捗報告のスライドを編集したり論文読みの続きをしたりしていた。
今日は雨だったのでバドミントンには行かず、家でトレーニングをした。
最近朝起きるのが遅くなっているので、夜は早めに寝た。
2017/10/01
朝8時に起きた。
午前中は両親が大阪に来た。母は吹田の方の家には来ていなかったので、それの様子見を兼ねて、ついでに箕面公園を散歩しにいくらしい。前の家より街の雰囲気がいいと言っていた。
昼からはレンタカーを借りて、$と 万博でやっていたカレーフェス・スイーツフェスに行ってから IKEA に行った。IKEA はニトリと違って、いろいろ部屋のコーディネートがあってそこから気に入ったものを取っていくスタイルだったので、自分のように買いたい小物が既に決まっている人にとっては (小物も部屋ごとにあってあちこち分散しているので) あまり向いていないと感じた。
夕食を IKEA にある食堂で食べてから帰った。
御堂筋線や梅田を初めて車で走ったが、思っていたより走りやすくて安心した。
2017/09/30
朝7時に起きた。今日は朝から研究室へ。
今日は火曜日のミーティング資料作りと、前からやっている Single Cell のサーベイ読み、PAM のプログラムを研究室サーバーで動かす、など。
PAM のプログラムは、Gibbs sampling の n_iterations を10000にすると(研究室サーバーでも)数時間ぐらいかかった。nohup のログは逐一更新されていたので途中で止まっていたというのはなさそうだし、単に計算時間がかなりかかったということだと思う。これで super topics にもそれぞれ特徴が出てくれるといいけど...
Single Cell のサーベイは前回に引き続きこつこつ読んだ。ただやけに technical challenges の部分が多いなと思ってタイトルを見ると、Single Cell Sequencing とあった。(今更気付いた...) ということで Single Cell Analysis の方の論文も探さないと...
夕方前に作業を終わらせて、茨木にある眼鏡市場へ。昨日もらった診断書でメガネのプリズムを抜いてもらう。
帰りは宇野辺を経由して帰った。万博周りは自転車専用レーンがあるので走りやすい。
2017/09/29
朝8時に起きた。さいきん朝起きるのが辛い。
午前中は病院へ。
午後からは蛍池の家の退去立会い。今日で蛍池の家に入るのは最後になる。豊中駅の周りや蛍池の町もしばらくは行くことがないと思うので、景色を噛みしめるような気持ちで見ていた。
立会は修繕代を請求されることもなく無事終わった。
帰りしな、ついでに眼科に寄った。プリズムの入ったメガネがやはり気分が悪くなってくるので、プリズムを抜いてもらうことに。ついでに定期的に受けるように言われている神経の検査。前より悪くはなっていないものの、やはり緑内障で怪しい箇所がちらほら見られるらしい。
夜は%と&が家に来た。鍋をつつきながらいろいろな話をした。自分は途中で寝てしまったが、起きたらもう既に%と&は帰っていて、食器がきれいに片付けられていた。ありがたい。
2017/09/28
朝8時に起きた。昨日のラーメンで、食欲が全然ない。
今日は昼ごろニトリのキッチンカウンターが届くということなので、朝のうちに買い物を済ませて、それからは家で二度寝したり漫画を読んだりとだらだらしていた。
昼、キッチンテーブルが届いた。さっそく食器を入れた。これで新居に必要な家具は一通り揃った。
その後は研究室へ。今日は研究室のサーバーで自作プログラムを動かしてみた。さすがはハイスペックサーバーで、ギブスサンプリングの進む速さが MacMini とは全然違った。
その後は結果をいろいろと解析してみた。予想とは異なり、PAM でのスーパートピックはいずれも特定のサブトピックに重みが集中していて、スーパートピック間の違いはあまりなさそうだった。スーパートピックの数を増やすと少し違いは出たが、特定のサブトピックに偏るというのは変わらなかった。
ただ、サブトピックは細胞群ごとにはっきりとした特徴が出ていて一安心。
夕方、ニトリに寄ろうとすると、ちょうど自転車置き場で$に会った。$の家はニトリと同じ方面なので途中まで一緒に行った。
ニトリで買い物を済ませて帰ったあとは、夕食を作って、ランニングをした。
2017/09/27
朝7時に起きた。午前中は漫画を読んでだらだらしていた。
昼前に大阪に帰るつもりだったが、右耳の下(リンパ?)が腫れるのと体のだるさがあるのとで、少し寝てから帰ることにした。
ちょうど正午ごろに大津を出た。今日は LT 会があるので、茨木から直接大学に行った。
LT 会まで少し時間があったので、それまでは研究室で作業をした。%先生に、中間報告会の背景はどこまで話せばいいか(bulk と比較しての Single Cell なのか、Single Cell の中でも Droplet や UMI を用いる方式の特徴に focus すればいいのか) ということをを相談した。結局、これから UMI の数による発現量取得は流行りそうなので、ちょうどそれに適したクラスタリングというのはいいのではないか、ということになって、今後は UMI count のデータのみで実験をすることにした。
しかしまだ Droplet の装置は導入が進んでいないようで、公開されているデータを見つけるのに苦労した。結局、Droplet の原論文やそれを引用している論文から数個は見つけることができた。
夕方は LT 会。ちょうど今日していた話などをした。#は NTT でのインターンの話で、%は前回に引き続きキャッシュの話。
その後は#の車で皆で一蘭へ。調子に乗って替え玉をしてしまい、後々お腹にきた。
