2017/11/02
朝6時に起きた。今日も朝から研究室。昼からは大津に帰る。
午前中は昨日に引き続き、細胞のクラスタリングに関する既存手法のツールをインストールしていた。ツールごとに入力の形式が異なることを恐れていたけど、そこまで違っていなさそうなので一安心。ただ呼び出す関数なんかはやっぱり違うので、全ツールで統一したインターフェイスを用意しようと思った。今回インストールしたパッケージは今後も (少なくともうちのラボでは) 使う人がいそうなので、そういう人のためにもこういう統一的なインターフェイスがあると便利だと思う。
昼どきに大津に帰る。帰ってからはしばらく布団で休んだりバイオインフォマティクス検定の勉強をしたりしていた。検定の勉強は、参考書を読み進めるペースを上げないと間に合わない...
ちなみに今日は DNA から RNA が転写されるメカニズムと、RNA を元にタンパク質が合成されるメカニズムを勉強した。
夕方は投げ込み。先週に引き続きシュートの握りをするとコントロールが安定した。
投げ込みの後は日本シリーズを見ながら夕食。お酒 (白露 180ml) も飲んだ。日本シリーズは DeNA が逆転したあとにすぐソフトバンクが追いつきそのまま引き離したので、これはダメだと思って途中で見るのをやめたら、下で母がまた DeNA が追いついたと言っていたので再び見ることに。結局僅差で DeNA が勝った。自分には試合展開をすぐ見切って、しかもその見切りがことごとく外れるという癖があって、今回もそれが出てしまった。まあ今日は結局面白い試合を最後まで見れたので結果オーライか。
2017/11/01
朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。
午前中は実験結果の確認と解析。相変わらず思い通りにはいかない。昨日ある人の twitter を見ていると、締め切り直前に60%しかできませんでしたと報告されるより、締め切り2週間前に40%しかできませんでしたと報告される方がよっぽどいい、というようなツイートを見かけたので、改めてこまめに報連相することを心がけるようにした。ということで、$先生に今日の解析結果について簡単な報告をする。
その後はラボの Python 勉強会。Fluent Python という中~上級者向けの本の輪講会。自分は発表せずに、気になるトピックだけ聞きに行くというスタンスで参加。Python の書き方について色んな人と話す機会はあまりなく、それぞれの人の好みがわかって面白かった。関数型の記法は読みにくいという声が多かった。
昼を食べたあとは、#さんと少し長いあいだ、オタクについての雑談をした。#さんはあまりにも自分がオタクに関する知識がないことに驚いていた。特にキャラソンという言葉を知らなかったことにはかなり驚かれた。
その後は再び研究。今の計算と並行して、比較対象とする既存手法のインストールなど。
帰ってからはランニングをして、夕食。豚バラの炒め物とごはんを食べた。やや食べすぎた。お酒 (赤ワイン 300ml) も飲んだ。ワインを 300ml も飲んだのは初めてかもしれない。いつものチューハイではなくワインにした理由は、350ml のチューハイよりアルコール量が少ないことと、常温・非炭酸なので胃にやさしいこと。
2017/10/31
朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。
午前中は$先生とミーティングの予定だったが、急遽$先生に急用が入ったということで午後からすることになった。ということで午前中は進捗報告を見直したり、新たに出た計算結果を解析したり、今後のタスクをまとめたりしていた。
昼からはミーティング。ある重要な実験結果が思い通りにいかず、もしかすると小さい方向転換が必要かもしれないという話をした。あとは卒論の目次案を昨日作ったので、それを元に話した。卒論の目次は一応決まった。かなりの分量になりそう。
ミーティング後は散歩をしてからふたたび研究。今後のTODOや予定を整理したり、コードのリファクタリングをしたり、データの整形をしたりしていた。
帰宅前に腹痛が起こったので今日はお酒は飲まかった。少しの夕食を食べて、日本シリーズを見て、%と久しぶりに電話をしてから寝た。
2017/10/30
朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。
午前中は今回の研究で用いる階層型クラスタリングの部分 (計算結果を scipy に通すインターフェイス) を実装した。KMeans は sklearn に入っているのに、階層型クラスタリングは scipy なのはなぜだろう...
昼からは PAM のプログラムをいろいろといじって、出力をさらに多くした。
あとはいくつかの計算結果でクラスタリングをしてみたが、期待していたものとは様子が違う。
昼過ぎは来年度から在籍するラボの%教授と話をした。これはヒューマンウェア・博士進学について相談したいと自分が申込んだもの。%先生は基本的に自分から何か話題を仕向けることはせず、自分の質門を待ってそれに対して答えてくださる、という方だった。こういう方と話すのは緊張するが、ちゃんと話をまとめて話さないといけないということで、背筋がすっと伸びる気持ちになる。
ヒューマンウェアについてはあまり知っておられなかったようで、それよりは博士進学と来年からの研究テーマ、就職の話になった。博士課程に進むなら、少なくともトップカンファレンスに (採択はされなくても) 投稿できるレベルにはならないといけない、とおっしゃっていた。
研究テーマは、(前はばりばり自然言語処理と考えていたが) IR (情報検索) の分野がおもしろそうで、自分の元々の興味とも一致するので、これにしようと思った。IR と 自然言語処理はもう少し共通点が多い気がしていたがそうでもなさそう。
就職については、博士卒業者はもうその人の能力により千差万別とのこと。ちなみに能力と具体的にどういうものか尋ねると、これを言うのは難しいがまずは研究能力 (研究・論文・学会への投稿) ということだった。
ミーティング後はラボに戻って研究の続きと明日の進捗報告の準備をした。
帰ってからは、ランニングをして、夕食 (じゃがいもとウインナーの炒め物、ほうれん草のおひたし) を食べて、お酒 (チューハイ 350ml) を飲んだ。
2017/10/29
朝7時に起きた。今日は大阪に帰る日。
午前中は研究をした。いくつか PAM で計算してみて結果をたしかめたりしていた。
午前中に電車に乗って大阪へ。いつもの BOOKOFF に今日は$がいて、軽い雑談をした。
家に帰る前に3時間ほどラボによって、朝の研究の続きをした。ラボには何人かおられた。集中して作業ができた。
帰ってからは「職業としての小説家」の Reading note を書いたりしていた。村上春樹は、小説なんて書かなくても生きていけるがそれでも書かずにはいられないという気持ちがあるから小説家になる、ということを言っていて、これを小説→論文と置き換えた時に自分はそこまで論文を書きたいとは思わないな.. ということを考えていた。(まあ小説家にとっての小説と研究者にとっての論文はちょっと違うけど)
夜は日本シリーズを少し見た。初回の感じだとまたソフトバンクが一方的に攻めるのかと思ったら、途中からそうでもなさそうな感じ。
夕食はおかゆ。直虎を見たあとは早めに寝た。
そろそろ論文を書き始めないと。
2017/10/28
朝6:30に起きた。朝から塾バイト。おそらくお酒を3日飲んだ影響で、お腹の調子がとても悪い。
バイト先へは電車で行った。
今日はいくつかの学校で模試があるらしく、生徒の数は少なかった。
帰ってからは Mallet のコードリーディング。結局、ライセンス的に大丈夫だったので、Mallet を独立した jar ファイルにするのではなく、必要なコードだけを取ってきて自分のパッケージから直に使う、という方針にした。というわけで、あるクラスの java ファイルをコピーしてきて、コンパイルエラーが出たらその都度該当するクラスの
java ファイルをコピーして、... ということを手動で繰り返していた。ここらへんを手動でやるのは苦痛だったが、Intellij で自動化する方法を調べてもわからなかったので諦めて手動でやった。結局、1つの java ファイルをコンパイルするために 100 以上の java ファイルが必要だった。
コンパイルが完了したあとは、録画していた直虎を見た。
同じく録画していたドキュメント72時間は来週見ることにする。
今日は流石にお酒を飲まずに寝た。夕食は久しぶりに霜降りのすじ肉が出た。これは祖母の家に行くとよく出してくれた肉で、とても美味しかったことを覚えている。あれから10年以上経つと思うが、その味は鮮明に覚えていて、そのことで母が驚いていた。
2017/10/27
朝7時に起きた。
午前中は研究。Stan のプログラムでの計算結果を見てみると、ログにメモリが確保できなかったと出た。Mallet にさせていた計算よりかなり軽いものでも落ちてしまうので、これはやっぱり使い物にならないか... 使いやすさ (コンパイルをしなくていい、Rでそのままデータが見れる、etc.. ) がなくなるのは残念だけど、やっぱり Mallet の実装を使おうと思う。
昼からは塾バイト。車で行った。
帰ってからは、夕食を食べてお酒 (白露 180ml) を飲んだ。
