2017/09/15

朝6時に起きた。今日はご飯を炊いて、しっかりと朝ごはんを作った。まだキッチンテーブルが来ていないので食器のダンボールを片付けきれてはいないが、ちょくちょく日常生活を取り戻せてきたと思う。

いつもの時間に大学へ。今日も研究室バイト。昨日作り始めた遺伝子発現量を Mallet の Topic Model に通す Java のプログラムの続きを作る。一通りできたと思ってデバッグ地獄を覚悟しながら試しに動かしてみたら、数回デバッグしただけでうまく動いたのでびっくりした。

とりあえず結果が出たので、$先生に Slack で伝えると、行と列が逆じゃない? とのご指摘が。各トピックの特徴語として細胞名が出ているのは確かにおかしい。ということでプログラムの修正。

その後再びプログラムを走らせて、うまく動いたことを確認した。ただ、結果の見方があまりわからなかったので、やっぱりモデルを理解しきることが大切だと思い PAM の原論文を読んだ。
ちなみに、このプログラムは並列処理をほとんど想定されていないような実装なので、研究室のハイスペックサーバーで実行してもそこまで劇的に速度の改善にはつながらなかった。

夕方は蛍池に掃除に行こうと思ったが (週末は台風なので)、眠気が強かったのでやめた。スーパーで買物をして、夕食にチャーハンを作って今になる。