いないち日記

大阪でバイオインフォマティクスを勉強する大学生の日記。

2017/10/17

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。昨日のバッティングセンターは結構な数打ったので筋肉痛が来るはずだが来ない。これは昨日摂取エネルギーが少なかったからか。明日にまとめて痛みが来そう。朝は一昨日始めた計算の結果を確認するが、まだ終わっていない…

2017/10/16

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。朝一番に昨日預けていた計算が終わっているか確認したが終わっていなかった。サンプル数が前回は700程度だったのに対し今回は10000ぐらいあるのが原因か。明日の進捗報告に間に合わないかもしれないが、まぁ明日はそれよ…

2017/10/15

朝8時に起きた。今日は朝から大阪に帰る。いつもの時間に古本屋に行き、電車で読むあたしンちを買ってから電車に乗った。駅からはバスで大学に行って、研究室でしばらく作業をした。研究室では、GEO から取ってきたいくつかの発現プロファイルを自分のライブ…

2017/10/14

朝6時に起きた。今日は朝から塾バイト。今日のバイトは人が少なくかなり暇だった。暇つぶしに電卓の √ ボタンを押していると、ある数が何回 √ ボタンを押すと1になるかというのにある規則性があることに気付いた。自分は遊びから科学的な何かを発見する体験…

2017/10/13

朝7時に起きた。午前中は眠く、布団の上で漫画を読んだりしていた。昼からは塾バイト。今日は生徒対応より電話対応が多かった。保護者さんからの連絡を要点を抑えて社員に伝えるのは難しい。こういう類の問題はこのバイト以外にも出てくると思うので、一度ち…

2017/10/12

朝7時に起きた。今日は研究室に行ったあと大津へ帰る。ふろ・トイレやキッチン周りの掃除を済ませて、いつもより遅く家を出た。午前中は今日もスライドづくり。大分とアイデアが固まってきて、スライドの質は高くなった。あとは10分でまとめられるようにしっ…

2017/10/11

朝6時に起きた。お腹の調子が良くない。朝食をほとんど食べずに、朝から研究室。午前中は昨日に引き続きスライド作り。今年は発表時間が10分となったので、これまでよりもスライドを圧縮しなければいけない。ただ昨年の卒論発表で#先輩が Single cell と LDA…

2017/10/10

朝 4:30 に起きた。昨日はさすがに寝すぎということもあって、今日はこの時間に起きても眠たくなかった。朝食を済ませて研究室へ向かう。朝から$先生との進捗報告ミーティングが入っていたので、それまで今日使うスライドの最終確認をしたり、論文の Reading…

2017/10/09

朝8時に起きた。今日は大阪に帰る。茨木駅から吹田の家までは自転車で帰った。お腹の調子があまり良くなかったので昼食は軽めの菓子パン。食後は眠気が強くて寝た。気づけば5時間ほど寝てしまっていた。夜はスーパーに買い物に行ったり、ランニングをしたり…

2017/10/08

朝6時に起きた。昨日は早く寝たので、今朝は眠気はまだましだった。今日も朝から塾バイト。いつもの時間の電車に乗っていつものパン屋さんで買い物をしてから出勤。今日は%君と2人体制だった。空き時間には、%君の専門の昭和初期の政治の話や、就活を終わっ…

2017/10/07

朝6時に起きた。今日もバイト。バイトなので早めに起きたが、あまりにも眠く起きてから1時間ぐらいは放心状態だった。バイトは久々に2人体制で、$さんと一緒だった。今読んでいる論文の生物学的な知識をいろいろ教えてもらって、体系的に勉強している専門の…

2017/10/06

朝8時ごろ起きた。また朝起きるのが辛い。今日は昼からバイト。午前中は布団でだらだらしていた。少し論文も読んだ。昼からは塾バイト。車があいていたので車で行った。夜、かえって家についたときには結構疲労感があった。日本酒を飲んで夕食を食べて寝た。

2017/10/05

朝5:30に起きた。今日はゆっくり朝の支度をすることができた。今日も朝から研究室へ。朝は昨日走らせていた PAM の結果を確認。結果としては思わしくない。Evernote に作業ログを残しながら、改善案をいくつかリストアップして再び計算させてみる。その後、$…

2017/10/04

朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。午前中は昨日まとめた単語帳の復習と、昨日計算していた PAM の結果の解析。PAM の方は思っていたほどよい結果は得られなかった。昼は学食で$と出会ったので一緒に食べた。アプリの開発状況などを聞いたり。午後は SC3 …

2017/10/03

朝7時に起きた。朝から研究室へ。午前は$先生とのミーティング。1時間ほどスライドの最終調整・見せる Jupyter Notebook の確認をしてから、進捗報告をした。この一週間は主に先行研究を調べていたので、研究の進み具合というよりは読んだ論文の紹介みたいに…

2017/10/02

朝7時に起きた。今日は朝から研究室へ。午前中は SC3: consensus clustering of single cell RNA-seq data という論文を読んでいた。これは SC3 そのものを知りたいというより、ここで用いられているデータセットや比較対象の手法、実験方法について調べるた…

2017/10/01

朝8時に起きた。午前中は両親が大阪に来た。母は吹田の方の家には来ていなかったので、それの様子見を兼ねて、ついでに箕面公園を散歩しにいくらしい。前の家より街の雰囲気がいいと言っていた。昼からはレンタカーを借りて、$と 万博でやっていたカレーフェ…

2017/09/30

朝7時に起きた。今日は朝から研究室へ。今日は火曜日のミーティング資料作りと、前からやっている Single Cell のサーベイ読み、PAM のプログラムを研究室サーバーで動かす、など。PAM のプログラムは、Gibbs sampling の n_iterations を10000にすると(研究…

2017/09/29

朝8時に起きた。さいきん朝起きるのが辛い。午前中は病院へ。午後からは蛍池の家の退去立会い。今日で蛍池の家に入るのは最後になる。豊中駅の周りや蛍池の町もしばらくは行くことがないと思うので、景色を噛みしめるような気持ちで見ていた。立会は修繕代を…

2017/09/28

朝8時に起きた。昨日のラーメンで、食欲が全然ない。今日は昼ごろニトリのキッチンカウンターが届くということなので、朝のうちに買い物を済ませて、それからは家で二度寝したり漫画を読んだりとだらだらしていた。昼、キッチンテーブルが届いた。さっそく食…

2017/09/27

朝7時に起きた。午前中は漫画を読んでだらだらしていた。昼前に大阪に帰るつもりだったが、右耳の下(リンパ?)が腫れるのと体のだるさがあるのとで、少し寝てから帰ることにした。ちょうど正午ごろに大津を出た。今日は LT 会があるので、茨木から直接大学に…

2017/09/26

朝7時ごろ起きた。午前中はだらだらと論文を読んでいた。昼からは塾バイト。平日の夕方は車より電車が混んでいると予想して車で行った。バイトは4時間ほど。この時間帯は生徒が少なくて楽。夕方、予想が外れて道はとても混んでいた。帰ってからは早めに寝た。

2017/09/25

朝8時に起きた。午前中は論文を読みながらだらだらしていた。今日はうちのラボの研究室旅行らしく、Slack には楽しそうな写真が並んでいた。午後もだらだら過ごして nature の Single cell の(最近の) review なんかを読みながら過ごした。夕方は家庭教師。…

2017/09/24

朝6時に起きた。今日も塾バイト。昨日と同じ電車に乗って昨日と同じパン屋さんで昨日と同じようなパンを買った。今日も仕事は結構忙しく、質問対応に十分な時間が取れなかった。夕方、帰ってからは昨日と同じように結構寝てしまった。夕食を食べて、昨日と同…

2017/09/23

朝 5:30 にアラームで起きた。iPhone を iOS 11 にしてベッドタイムというものをセットしたら、その時間にアラームが鳴るらしい。今日はそのアラームで起きた。が、なぜかとてつもなく眠く、布団から出たのは 6:30 だった。最近異様に光が眩しく感じるときが…

2017/09/22

朝6時に起きた。今日は一日予定がないので、朝は布団でだらだらしていた。昼前から、ためていた論文を読んだ。ラボの中間報告会では研究背景がしっかりわかっていることが重視されると知ったので、microarray から RNA-Seq, Droplet までの原論文をざっと読…

2017/09/21

朝6時に起きた。今日は大学から直接大津に帰るので、歩いて大学まで行った。今日は研究室バイト最終日。 Mallet へ通すプログラムと昨日手がけていた実行用スクリプトは完成した。結局 config は yaml で書くことにした。コメントも書けるし、{}の対応をいち…

2017/09/20

今日も6時に起きて研究室バイト。朝、いつものようにパンを食べていると急に気分の悪さが来た。これは胃腸からくるものだと察して、とりあえずソファーに寝込んだ。昨日のお酒が悪かったのか画面の見すぎが悪かったのかはわからない。ただお腹は空いていたの…

2017/09/19

朝6時に起きた。昨日は久しぶりにバドミントンをして、今日は朝から体調がいい。朝から研究室バイト。今日は先月の振替で 18:00 まである。午前中は PAM の作業をやって、午後からは旧松田研 Wiki から他のサーバーへの卒論 PDF の移行をした。前の前の Wiki…

2017/09/18

朝7時にアラームで起きた。昨日寝た時間が遅かったので少し寝不足。今日は蛍池の家で臨時ゴミを出すのと部屋の掃除がある。臨時ゴミの収集が 9:30 以降だと勝手に思っていたら 8:00 以降だったので、焦って用意して蛍池へ。蛍池について5分ぐらいして、あと1…