いないち日記

大阪でバイオインフォマティクスを勉強する大学生の日記。

2017/12/14

朝6時に起きた。外を見ると初雪が降っていたらしく、アパートの屋根がうっすらと白くなっていた。今日も朝から研究室。午前中はバイトの作業や昨日出たパラメータでの計算をした。昼からは大津に帰る。大阪に戻る日も晴れの予報なので、自転車で駅まで行った…

2017/12/13

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中はようやくパラメータ推定の結果が出揃ったので、それに基づいて実験スタート。なんとかうまい具合に極値が出るようでよかった。あと、推定アルゴリズムの原論文を読み込んだ。途中で集中力が切れたけど、読み込ん…

2017/12/12

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中はちょうど昨日計算していた ldatuning の追加実験の結果が出ていたので、それを今日のミーティング資料に付け加えた。その後&先生と進捗報告ミーティング。午後はミーティング内容と今週の TODO をまとめたあと、…

2017/12/11

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中は明日のミーティング資料作り。事前に%先生に見ておいてもらいたい資料は予め送っておく。あるモデルのハイパーパラメータ決めがなかなかうまくいかないのでそれに関する論文を探したりもする。午後、昨日計算し…

2017/12/10

朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。午前中はバイトの作業をした。一段落した感じ。昼からは実験結果の解析。相変わらず思うような結果が出ないため、方針転換が必要になった。とりあえず%先生にこのことについて報告したので、明日以降に次の方針について…

2017/12/09

朝8時に起きた。午前中は家庭教師。帰ってから昼寝をして、気づけば夕方になっていた。%をゴルフに誘ったが今日は予定があるそうなので、大阪に帰ることにする。家に直に帰らずに研究室に寄った。重い計算を回したりしていた。この計算が期待通りに進まない…

2017/12/08

朝8時に起きた。今日は久しぶりに何も予定がない日。一日ごろごろすることにする。朝のうちに少し研究をやっておいて、その後は論文を読んだり昼寝をしたり、最近始めたインスタを触ったりしていた。昼寝をした後は、バイトの作業を少ししてから走りに行った…

2017/12/07

朝7時に起きた。今日は朝からいつものメンバーで LT会。$が体調不良で来れなくて残念。 自分は中間発表で使ったスライドで発表。今日は%のベイジアンアトラクターモデルの話がおもしろかった。LT会のあとはみんなで昼ごはんを食べた。%や#に就活の話を聞いた…

2017/12/06

朝8時に起きた。 昨日のお酒のせいか、今日もまた胃腸の調子が悪い。やっぱり日本酒 300ml は胃腸が万全の状態でないと飲んではいけない...今日は皮膚科へ行く。最近左の剃りこみ部分(?) の髪が薄くなってきていて、もしかしてついにハゲがきたか... ! と思…

2017/12/05

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中は$先生との進捗報告ミーティング。といっても実質昨日しか研究できていいないのでそこまで結果を見せられなかったけど.. clusterProfiler で詰まっていた部分があったので、そこを教えてもらったり。ミーティング…

2017/12/04

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。また今日も食欲がない。午前中は久しぶりに実験結果の解析をした。あとは明日までの TODO になっていた、遺伝子と GO とをマッピングして Enrichment Analysis をした。。 Enrichment Analysis では clusterProfiler と…

2017/12/03

朝7時に起きて、二度寝して8時に起きた。午前中は駅前の#へ買い物に行った。スポーツ用品店でランニング用の長袖シャツを買ってからユニクロでダウンジャケットを買う予定だったけど、長袖シャツで迷っていると時間がなくなってダウンは買えていない。シャツ…

2017/12/02

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。昨日と同じく今日も朝からバイオインフォマティクスの試験勉強。去年度の過去問で間違えた所を直したり、タンパク質の立体構造をさらっと見たりした。 毎年、塾バイトで生徒に過去問を早くから始めるようにと口酸っぱく…

2017/12/01

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。昨日に引き続き今日もバイオインフォマティクス技術者認定試験の試験勉強。今日はホモログのあたりを勉強した。"ほぼ中立説" という名前が出てきてなんだかおもしろかった。帰りしなは少しバイトの作業をしてから帰る。…

2017/11/30

朝8時に起きた。胃腸の調子が悪い。午前中は内科に行くことにする。内科に行くと、大津のかかりつけのお医者さんからもらっていたものとは全然違う薬をもらった。そのことを言うと、きょうのお医者さんいわく、対処療法としてはそうした薬がいいのだけど、た…

2017/11/29

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。今日は一日バイオインフォマティクス検定の勉強をする。特に今日は配列のアライメント関連の勉強をした。 BLAST の話で、「DB 中の総配列長を m, クエリの配列長を n とするとき、スコアが S 以上になる個数の期待値 (E-…

2017/11/28

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中はバイトの作業。関数の仕様 (引数の型) の変更を繰り返した。汚いと思いながら書いていてたプログラムを放置していたからこうなったので、少しでもスマートでない部分があるのなら早めに対処するべきだった..昼前…

2017/11/27

朝8時に起きた。午前中は大阪に帰る。まずいつものBOOKOFFで漫画を買った。あたしんちの新しい巻が入荷されていたのでそれを買った。茨木では、平日なので大学行きのバスが混んでいたらそれに乗らずに一旦家まで帰ってしまおうと思ったが、そこまで混んでい…

2017/11/26

朝7時に起きた。昨日のお酒のせいか腸の調子が悪い。午前中はバイオインフォマティクス検定の勉強をしたり布団でごろごろしたりした。昼からは塾バイトで年に一回行われる県内研修。滋賀県中の校舎のスタッフが集まって、生徒対応のロールプレイングをする。…

2017/11/25

朝7時に起きた。今日は久しぶりに外出する用が全くない日。午前中はバイトの作業をしていた。Django の開発はすらすら書きやすい。たぶんこれは、Django の開発ではロジックが難しいものよりも、ちゃんと Django らしい使い方をできているか (≒言語や API を…

2017/11/24

朝7時に起きた。午前中はバイトの作業をしたあと、%の銀行へ JASSO のリレー講座の登録に行った。銀行はいつ行っても接客の参考になるポイントが多い。 帰りしな、%に寄ったついでに図書館に寄って5冊ほど本を借りた。昼からは塾バイト。平日の勤務はあまり…

2017/11/23

朝6:30に起きた。今日は朝から塾バイト。#のパン屋さんに寄ってから職場へ。昨日のお酒のせいで眠気が強い。特に昼あたりが眠気のピークで、顔を洗ったりしてなんとかやりすごした。帰ってからは2時間ほど寝て、その後はランニングに行った。夜は夕食を食べ…

2017/11/22

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。11/22といえば、小学校時代の友達 (1年だけ滋賀に来てすぐ引っ越した) の誕生日。11/22 の 11:22 に生まれたらしい。その人は1年だけ滋賀に来てすぐ引越したので本名も覚えていないし会うこともないけど、なぜか 11/22 1…

2017/11/21

朝4:30に起きた。朝の支度を一通り終えて朝食も食べてから二度寝した。結局起きたのは7:50。食後すぐに昼寝したので胃の調子が悪い。急いで研究室へ向かう。午前中は昨日の夕方に回し始めた計算結果を解析。思ったよりもかなり精度が悪い。ということでいろ…

2017/11/20

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中は新しいツールを使うのに苦労した。SC3 という細胞のクラスタリングのツール。SC3 のアルゴリズム自体はこの前論文で読んでだいたい把握していたけど、実行時のオプションとかクラスタリング結果の格納場所とかが…

2017/11/19

朝10時に起きた。かなり遅い。起きてすぐ、妹に駅まで送ってほしいと言われたので車で送った。その後は大阪に帰る。 茨木からはそのままバスで研究室へ。午後からは研究。 ある R のツールを入れようとしたが R のバージョンが古くて入らなかったので、計算…

2017/11/18

朝6:30に起きたけど、1時間ほど二度寝してしまった。今日は朝から塾バイト。少し慌てて朝の用意をする。母に妹を駅まで送ってほしいと言われたので、そのついでにバイト先まで車で行った。今日は%君という新人の方と一緒。初期研修を担当した。 今まで自分が…

2017/11/17

朝7時に起きた。午前中はバイトの作業を進めた。午後は塾バイト。電車で行く。 今日は$君と交代で、代わりしなに少し話をした。なんと脳神経外科のオペを終えてから来たらしい。話を聞いているとオペは休み無しで10時間続くこともあるらしく、外科医は大変だ…

2017/11/16

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。昼から大津に帰る。朝、支度をしながら NHK のニュースを見ていたら南禅寺の紅葉が映っていた。きれいに色づいていたので、ちょうど今日は大津に帰ることだし帰りしなに寄っていくことにした。午前中は Gitlab の issue …

2017/11/15

朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。昨日の食べすぎで胃腸の調子が悪い。午前中はまず$先生と進捗報告ミーティング。昨日話すことを練ったおかげでスムーズに話を進められた。 1つ、自分では仮説と反すると思っていた結果が、$先生と話していると実は仮説…