いないち日記

大阪でバイオインフォマティクスを勉強する大学生の日記。

2017/11/14

朝6時に起きた。今日も朝から研究室。午前中はバイトの仕事をした。少し早く昼ごはんを食べたあと、午後からは明日の進捗報告で話すことをまとめていた。"So, what?" というフレーズを頭のなかで繰り返して、単にデータを見せるだけではなく自分なりの仮説を…

2017/11/13

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中はデータ解析。マッキンゼー本を生かして、もれなくだぶりなく原因を探ることを意識した。午後も同じような作業。あとは明後日の進捗報告のプレゼン資料を作ったり。 そういえば次回の進捗報告からスライドは Jupy…

2017/11/12

朝7時に起きた。今日は日曜日なので研究はしない。午前中は部屋の掃除をしっかりめにした。 それから梅田の美術館に行こうと思ったが、平日にも行ける身分なのにわざわざ混んでいる日曜日に行くのはやめようと思ってやめた。掃除が終わったとは読書や Readin…

2017/11/11

朝6時に起きた。今日も朝から研究室。午前中はデンドログラムの表示をわかりやすくしていた。最近また読んでいる『マッキンゼー流 入社1年目問題解決の教科書』という本に刺激されて、もっと分かりやすい図を作らないといけないと思ったことがきっかけ。 や…

2017/11/10

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中は、おとといから出力しはじめたデータを解析した。予想していた相関とは異なる相関関係が見られた。 ここ最近はデータを可視化する作業が多く、そのためのオプション(色や配置 etc..) で悩まされることが多い。午…

2017/11/09

朝6:30に起きた。昨日早く寝たので朝の眠気は少なかった。今日も朝から研究室。午前中はクラスタリング結果の ARI を計算していた。すると、なんとある条件下では自分の手法がトップカンファレンスに出ているいくつかの既存手法よりも ARI の値が大きいこと…

2017/11/08

朝7:30に起きた。今朝はミーティングがあるのにこの時間に起きてしまった。急いで用意をして大学へ。昨日のお酒のせいか胃の調子が悪い...朝は完成していないスライドを急いで完成させる。前日にスライドが完成していのは話にならないし、朝に寝坊することも…

2017/11/07

朝6時に起きた。今日も朝から研究室。昨日のバドミントンで腹筋と背筋が筋肉痛。腕や肩の筋肉痛がないのがやや不思議。昨日ショットの力不足が大きな課題だったので、腕の筋肉が落ちていたのかと思っていたけどそうではないのかな...大学についたあと、午前…

2017/11/06

朝5:30に起きた。今日は朝から研究室。午前中は実験結果の解析を行った。具体的には全結合の層の重みを見るというもので、ノードごとに重みの多様性があるほど実験結果としては面白い。この間、1つ2つ重みを見た感じだと多様性が出ていないと思って悩んでい…

2017/11/05

朝9:30に起きた。かなり熟睡したらしい。今日は大阪に帰る日。今週末は奨学財団の年次パーティーがあるので、スーツを持って帰る。さいきん夜が冷えるのでチェスターコートも持って帰ろうかと思ったけど、スーツケースのキャパオーバーでやめた。そういえば…

2017/11/04

朝6:30に起きた。今日も朝から塾バイト。バイトでは、昨日、朝の掃除の時に加湿器の水を入れ忘れていたことに気づいた。細かいことだけど、そこに長くいる生徒の快適さにつながることなので怠ってはいけない... ということで今日はちゃんと加湿もして、一定…

2017/11/03

朝6時に起きた。朝から塾バイト。今日はまた多くの学校で模試があったらしく、人は少なかった。夕方、帰ってからは投げ込みに行った。コントロールが悪くフェンスに何回か当ててしまい、管理者のおじさんに怒られてしまった。ただ怒られたおかげでプレッシャ…

2017/11/02

朝6時に起きた。今日も朝から研究室。昼からは大津に帰る。午前中は昨日に引き続き、細胞のクラスタリングに関する既存手法のツールをインストールしていた。ツールごとに入力の形式が異なることを恐れていたけど、そこまで違っていなさそうなので一安心。た…

2017/11/01

朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。午前中は実験結果の確認と解析。相変わらず思い通りにはいかない。昨日ある人の twitter を見ていると、締め切り直前に60%しかできませんでしたと報告されるより、締め切り2週間前に40%しかできませんでしたと報告され…

2017/10/31

朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。午前中は$先生とミーティングの予定だったが、急遽$先生に急用が入ったということで午後からすることになった。ということで午前中は進捗報告を見直したり、新たに出た計算結果を解析したり、今後のタスクをまとめたり…

2017/10/30

朝6:30に起きた。今日も朝から研究室。午前中は今回の研究で用いる階層型クラスタリングの部分 (計算結果を scipy に通すインターフェイス) を実装した。KMeans は sklearn に入っているのに、階層型クラスタリングは scipy なのはなぜだろう...昼からは PAM…

2017/10/29

朝7時に起きた。今日は大阪に帰る日。午前中は研究をした。いくつか PAM で計算してみて結果をたしかめたりしていた。午前中に電車に乗って大阪へ。いつもの BOOKOFF に今日は$がいて、軽い雑談をした。家に帰る前に3時間ほどラボによって、朝の研究の続きを…

2017/10/28

朝6:30に起きた。朝から塾バイト。おそらくお酒を3日飲んだ影響で、お腹の調子がとても悪い。バイト先へは電車で行った。 今日はいくつかの学校で模試があるらしく、生徒の数は少なかった。帰ってからは Mallet のコードリーディング。結局、ライセンス的に…

2017/10/27

朝7時に起きた。午前中は研究。Stan のプログラムでの計算結果を見てみると、ログにメモリが確保できなかったと出た。Mallet にさせていた計算よりかなり軽いものでも落ちてしまうので、これはやっぱり使い物にならないか... 使いやすさ (コンパイルをしなく…

2017/10/26

朝9時に起きた。昨日家に帰ったのが1:30とかだったのでまぁ仕方ないか.. 帰省の用意をして研究室へ。今日は午前中からフルギアを入れて作業。論文誌の締切も近づいているが課題が山積している。昼前、%先生が昨日の発表で気づいたことを指摘してくださった。…

2017/10/25

朝8時に起きた。今日はラボの中間報告会。ラボに着いたのは報告会の30分前。原稿を読み直したり軽く#や%と雑談したりしてから、報告会へ。報告会は$さんの発表練習から始まった。なかなか英語が聞き取れず、リスニング力が足りないと感じた。いくつか質問を…

2017/10/24

朝6時に起きた。朝から研究室へ。午前中は昨日の問題 (Rscript だとうまく実行できない問題) を解決した。どうやら関数 as というのは base パッケージのメソッドではなく methods パッケージのメソッドらしく、require(methods) と明示的に書くとちゃんと実…

2017/10/23

朝6:30に起きた。今日は大阪に帰る。ただ昨日の台風の影響で電車が全然動いていなかった。湖西線は運転休止、琵琶湖線も1時間に2本程度の間引き運転という状態らしく、12時になっても一向に人混みがおさまる気配がない。一瞬明日にしようと考えたが、できれ…

2017/10/22

&の家で朝6時に起きた。&を起こさないようにそっと家を出た。家に帰ってから再び熟睡。今日は TOEIC があるが、眠気と台風が来て帰れなさそうというのがあったので、行かないことにした。R の方は発現プロファイルのインターフェイスがなんとか完成した。た…

2017/10/21

朝7時に起きた。午前中はダラダラと R を触って発現プロファイルを Stan の PAM モデルに通すインターフェイスを作っていた。昼は「羽生善治 闘う頭脳」を読んでいた。夕方、家庭教師に行く。その後は$と飲みに行った。けじめは付けなかった。終電の時間が思…

2017/10/20

朝4:30に起きた。単に昨日早く寝すぎたからこんな時間に起きたんだと思う。二度寝する必要もなさそうだったので、帰省用意をして、朝から研究室へ。ただいざ研究室につくととても眠気が強かった。やっぱり6~7時に起きるほうが体に合っている気がする。午前中…

2017/10/19

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。肉じゃがが夜ご飯では消費しきれなさそうなので、ブロッコリーと一緒にお弁当として持っていった。今日も午前中はスライド修正。昨日でほぼ仕上がったので、今日は英語版作成と原稿直し。いざ原稿を読んでみると10分では…

2017/10/18

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。午前中は昨日に続いてスライドづくり。話の構成を変えて、最初のスライドを研究概要から一細胞解析の意義にした。研究概要を最初に持ってきたのはプレゼンがトップダウンになるようにと思ってのことだったけど、これだと…

2017/10/17

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。昨日のバッティングセンターは結構な数打ったので筋肉痛が来るはずだが来ない。これは昨日摂取エネルギーが少なかったからか。明日にまとめて痛みが来そう。朝はおととい始めた計算の結果を確認したがまだ終わっていない…

2017/10/16

朝7時に起きた。今日も朝から研究室。朝一番に昨日預けていた計算が終わっているか確認したが終わっていなかった。サンプル数が前回は700程度だったのに対し今回は10000ぐらいあるのが原因か。明日の進捗報告に間に合わないかもしれないが、まぁ明日はそれよ…